Официальный сайт ZIC Russia
Марка по марке автомобиляAbarthAcura (USA / CAN)Alfa Romeo (EU)Alfa Romeo (USA / CAN)AlpineAroAsiaAston MartinAudi (EU)Audi (USA)AustinBentleyBMW (EU)BMW (USA)BrabusBugattiBuick (USA / CAN)Cadillac (EU)Cadillac (USA / CAN)CheryChevrolet (EU) (Daewoo)Chevrolet (RUS)Chevrolet (USA / CAN)Chrysler (EU)Chrysler (USA / CAN)CitroënDaciaDaihatsu (EU)Daihatsu (RUS)DaimlerDatsun (RUS)Dodge (EU)Dodge (USA / CAN)DRDSFerrariFiat (EU)Fiat (USA)FiskerFord (EU)Ford (RUS)Ford (USA)FSOGalloperGAZGenesis (USA)GMC (USA / CAN)Honda (EU)Honda (JAP)Honda (RUS)Honda (USA / CAN)Hummer (USA / CAN)Hyundai (EU)Hyundai (RUS)Hyundai (USA)Infiniti (EU)Infiniti (RUS)Infiniti (USA)IsuzuIvecoJaguarJeep (EU)Jeep (USA / CAN)Kia (EU)Kia (RUS)Kia (USA / CAN)Lada (VAZ / Zhiguli)LagondaLamborghiniLanciaLand RoverLandwindLexus (EU)Lexus (RUS)Lexus (USA / CAN)Lifan (RUS)LincolnLotusMahindraMaseratiMaybachMazda (EU)Mazda (JAP)Mazda (USA / CAN)MegaMercedes-Benz (EU)Mercedes-Benz (USA / CAN)MercuryMetrocabMGMINI (EU)MINI (USA)Mitsubishi (EU)Mitsubishi (JAP)Mitsubishi (USA / CAN)MorganMoskvichNissan (EU)Nissan (RUS)Nissan (USA / CAN)NobleOldsmobile (USA / CAN)Opel (EU)Opel (RUS)PeroduaPeugeot (EU)Peugeot (RUS)Pontiac (EU)Pontiac (USA / CAN)PorscheProtonRavon (RUS)Renault (EU)Renault (RUS)Rolls-RoyceRoverSaabSamsungSantanaSaturn (USA / CAN)Scion (USA / CAN)SeatSkodaSmartSpyker CarsSsangYongSubaru (EU)Subaru (JAP)Subaru (USA / CAN)SuzukiTagazTataTeslaTh!nkThe London EV CompanyThe London Taxi CompanyToyota (EU)Toyota (JAP)Toyota (RUS)Toyota (USA / CAN)TVRUAZUz-Daewoo (RUS)VauxhallVencerVolkswagen (VW) (EU) Volkswagen (VW) (RUS)Volkswagen (VW) (USA / CAN)Volvo (EU)Volvo (USA / CAN)ZAZ
Модель выберите
Тип выберитеМоторные масла для легковой и легкой коммерческой техники
Моторные масла для легковой и легкой коммерческой техники
ZIC ZERO 16 0W-16
ПОЛНОСТЬЮ СИНТЕТИЧЕСКОЕ МОТОРНОЕ МАСЛО (ПАО)
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SN PLUSILSAC GF-5
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC ZERO 20 0W-20
ПОЛНОСТЬЮ СИНТЕТИЧЕСКОЕ МОТОРНОЕ МАСЛО (ПАО)
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SN PLUS, SN-RCILSAC GF-5GM dexos1 Gen2
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC ZERO 30 0W-30
ПОЛНОСТЬЮ СИНТЕТИЧЕСКОЕ МОТОРНОЕ МАСЛО (ПАО)
СПЕЦИФИКАЦИИ
ACEA C3Volkswagen/Audi/Skoda VW 504.00 / 507.00
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC RACING 10W-50
Уникальное моторное масло на основе эстеров и ПАО
СПЕЦИФИКАЦИИРекомендовано для использования в высокофорсированных двигателях спортивных легковых автомобилей.Превышает требования стандарта ACEA A3/B4.
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC TOP 5W-30
Полностью синтетическое моторное масло (ПАО)
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SN / CFACEA C3Volkswagen/Audi/Skoda 504.00 / 507.00MB-Approval 229.51BMW Longlife-04Porsche C-30
СООТВЕТСТВУЕТ
Полностью синтетическое моторное масло (ПАО)
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SN / CFACEA A3/B3, A3/B4Volkswagen/Audi/Skoda 502.00 / 505.00MB 229.5BMW Longlife-01Renault-Nissan RN 0700 / 0710Porsche A-40
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X9 LS 5W-30
Полностью синтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SN / CFACEA C3MB-Approval 229.52, 229.51BMW Longlife-04Volkswagen/Audi/Skoda 505.00 / 505.01GM dexos2
СООТВЕТСТВУЕТZIC X9 LS Diesel 5W-40
Полностью синтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SN / CFACEA C3Volkswagen/Audi/Skoda 505.00 / 505.01MB-Approval 229.51BMW Longlife-04GM dexos2
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X9 FE 5W-30
Полностью синтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
ACEA A5/B5Ford WSS-M2C913-A/B/C/DJaguar-Land Rover STJLR 03.5003
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X9 5W-30
Полностью синтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SL/CFVolkswagen/AUDI/Skoda 502.00/505.00MB-Approval 229.5Renault RN 0700/0710ACEA A3/B3/B4BMW LL-01Opel GM-LL-B-025
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X9 5W-40
Полностью синтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИAPI SN / CFACEA A3/B3, A3/B4Volkswagen/Audi/Skoda 502.00 / 505.00 / 503.01MB-Approval 229.5, MB 226.5BMW Longlife-01Renault-Nissan RN 0700 / 0710PSA B71 2296Porsche A-40
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X7 FE 0W-20
Синтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SPILSAC GF-6GM dexos1 Gen 2
СООТВЕТСТВУЕТ
Синтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SPILSAC GF-6GM dexos1 Gen 2
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X7 LS 5W-30
Cинтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SN / CFACEA C3MB 229.51BMW Longlife-04GM dexos2
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X7 5W-40Cинтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SN / CFACEA A3/B4, A3/B3Volkswagen/Audi/Skoda 502.00 / 505.00MB 229.5BMW Longlife-01Renault-Nissan RN 0700 / 0710
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X7 5W-30
Cинтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SPILSAC GF-6GM dexos1 Gen 2
СООТВЕТСТВУЕТ
Cинтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SN / CFACEA C3MB 229.31Renault-Nissan RN 0700
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X7 LS 10W-30
Cинтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SN / CFACEA C3MB 229.31
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X7 Diesel 5W-30
Синтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SL / CFACEA A3/B3, A3/B4Volkswagen/Audi/Skoda 502.00 / 505.00MB 229.3, 229.5Renault-Nissan RN 0700 / 0710Opel GM-LL-A-025
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X7 Diesel 10W-40
Cинтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API CI-4 / SLACEA E7MB 228.3
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X5 5W-30
Полусинтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SPILSAC GF-6GM dexos1 Gen 2
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X5 10W-40
Полусинтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SP
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X5 Diesel 10W-40
Полусинтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API CI-4 / SL
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X5 LPG 10W-40
Полусинтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API SP
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC X5 Diesel 5W-30
Полусинтетическое моторное масло
СПЕЦИФИКАЦИИ
API CI-4 / SL
СООТВЕТСТВУЕТ
ZIC A 5W-30 API SN ILSAC GF-5 Semi-Synthetic (4 литра)
Описание
Высококачественное полусинтетическое моторное масло для бензиновых двигателей легковых автомобилей, в т.ч. с турбонаддувом и каталитическими нейтрализаторами.
Изготовлено на основе базового масла YUBASE VHVI и пакета высококачественных присадок.
Обладает отличными показателями по экономии топлива, хорошей антиокислительной стабильностью и превосходными смазывающими свойствами.
Сохраняет превосходные характеристики в период рекомендованного межсервисного интервала.
Идеально подходит для бензиновых двигателей автомобилей производства Японии, США и Южной Кореи, где требуется класс API SN или ниже.
Рекомендовано к применению для всех двигателей автомобилей «АвтоВАЗ».
Допуски
Допуски:
API SN.
ILSAC GF-5.
Одобрения:
Lada Cars.
ОАО «АвтоВАЗ» (масла моторные группы «Люкс»).
Характеристики
| Название | ZIC A |
| Вязкость SAE | 5W-30 |
| Тип | Полусинтетическое |
| Плотность при 15°C, г/см³ | 0,852 |
| Кинетическая вязкость при 40°С, мм²/c | 63,58 |
| Кинетическая вязкость при 100°С, мм²/c | 10,88 |
| Индекс вязкости | 163 |
| Температура вспышки, °C | 220 |
| Температура потери текучести, °C | -42,5 |
| Щелочное число, мг КОН/г | 7 |
Информация
Меры предосторожности
Банку не сдавливать, не резать, не плавить, не паять, не подвергать нагреву выше 65°C, воздействию прямых солнечных лучей, не ставить вблизи пламени, электронагревательных приборов и других источников воспламенения.
Не давать детям.
Избегать попадания в глаза, на кожу и одежду.
Экологическая безопасность
Не сливайте отработанное масло в канализацию, воду, почву.
Утилизируйте в соответствующие места.
Срок хранения
5 лет с даты изготовления продукта.
Дата производства указана в восьмизначном коде на верхней крышке упаковки.
Третья цифра означает — год,
Четвертая и пятая — месяц,
Шестая и седьмая — дату изготовления.
Упаковка
ZIC A — доступное качество!
Корпорация SK Lubricants (Южная Корея) представляет новый продукт в линейке полусинтетических моторных масел — масла ZIC A.
В маслах серии ZIC A применяется оптимально сбалансированный пакет присадок, обеспечивающий высокий уровень качества моторного масла и экономию средств автовладельца.
Масла данной серии произведены на основе уникальных базовых масел Yubase с очень высоким индексом вязкости и пакетом высококачественных присадок. Масло ZIC A обладает отличной антиокислительной стабильностью и превосходными смазывающими свойствами. Идеально подходит для бензиновых двигателей автомобилей производства Японии, Южной Кореи, США и России. Рекомендовано к применению во всех двигателях автомобилей «АвтоВАЗ».
Применение масел данной серии превосходно защищает двигатель, продлевая его ресурс, обеспечивает чистоту деталей двигателя, гарантирует сохранение всех качеств моторного масла в период рекомендованного межсервисного интервала.
Привлекательная цена на моторное масло ZIC A обусловлена отсутствием европейских допусков. Получениедопусков автопроизводителей требует длительных и дорогостоящих испытаний, многомилионные расходы производитель вкладывает в стоимость моторного масла. Соответственно, чем больше допусков автопроизводителей — тем выше цена на масло.
SK Lubricants планируя выпустить продукт для применения только в автомобилях производства Японии, Южной Кореи, США и России, намеренно не получал неактуальные для этого автопарка допуски европейских автопроизводителей на масла ZIC A, что позволило значительно снизить цену на этот продукт, а значит и сэкономить средства автовладельцев. В тоже время на продукт ZIC A были получены все основные международные допуски: допуска американского института нефти — API SN/SM (США) и международного комитета по стандартизации и апробированию масел — ILSAC GF-5/GF-4, что ГАРАНТИРУЕТ потребителю высокое качество масел ZIC A.
- Цена масел ZIC A существенно ниже существующих на рынке аналогов.
- Масла серии ZIC А являются оптимальным выбором для автовладельцев по параметрам цена / качество.
- Идеально подходит для бензиновых двигателей автомобилей производства Японии, Южной Кореи, США и России.
- Рекомендовано к применению во всех двигателях автомобилей ВАЗ.
- Новейшие допуски API SN/SM и ILSAC GF-5 гарантируют высокое качество масла ZIC A.
- Масла серии ZIC A также можно применять в двигателях, работающих на газовом топливе LPG.
- Масла серии ZIC A не рекомендованы к применению в двигателях требующих моторное масло с европейскими допусками или допусками европейских автопроизводителей.
ZIC A — экономия средств потребителя при неизменно высоком качестве.
ОАО «АВТОВАЗ» (масла группы «Люкс»)
Идеально подходит для бензиновых двигателей автомобилей производства Японии, Южной Кореи, США и России.
Нашли опечатку в тексте? Выделите её и нажмите ctrl+enter
Обзор генов Zic грызунов
Обзор
DOI: 10.1007 / 978-981-10-7311-3_10.Принадлежности Расширять
Принадлежности
- 1 Лаборатория раннего развития млекопитающих, Школа медицинских исследований Джона Кертина, Австралийский национальный университет, Канберра, АКТ, Австралия.
- 2 Лаборатория раннего развития млекопитающих, Школа медицинских исследований Джона Кертина, Австралийский национальный университет, Канберра, Австралия. [email protected].
Элемент в буфере обмена
Обзор
Кула Э. М. Диаманд и др. Adv Exp Med Biol.2018.
Показать детали Показать вариантыПоказать варианты
Формат АннотацияPubMedPMID
DOI: 10.1007 / 978-981-10-7311-3_10.Принадлежности
- 1 Лаборатория раннего развития млекопитающих, Школа медицинских исследований Джона Кертина, Австралийский национальный университет, Канберра, АКТ, Австралия.
- 2 Лаборатория раннего развития млекопитающих, Школа медицинских исследований Джона Кертина, Австралийский национальный университет, Канберра, Австралия. [email protected].
Элемент в буфере обмена
Полнотекстовые ссылки Опции CiteDisplayПоказать варианты
Формат АннотацияPubMedPMID
Абстрактный
Пять генов Zic мыши кодируют многофункциональные белки-регуляторы транскрипции, важные для большого числа процессов во время эмбрионального развития.Гены и белки являются высококонсервативными по отношению к ортологичным генам человека, что, очевидно, отражает функциональную консервацию, поскольку мышиные и человеческие гены мутируют, давая одинаковые фенотипы. Каждый белок ZIC содержит домен цинкового пальца, который участвует как во взаимодействиях белок-ДНК, так и белок-белок. Белки ZIC способны взаимодействовать с ключевыми медиаторами транскрипции сигнальных путей SHH, WNT и NODAL, а также с компонентами транскрипционного аппарата и комплексов, модифицирующих хроматин.Возможно, что этот разнообразный спектр белковых партнеров лежит в основе характеристик, выявленных мутагенезом и фенотипированием генов Zic мышей. Эти особенности включают повторяющиеся и уникальные роли белков ZIC, регуляторные взаимозависимости между членами семьи и функцию плейотропного гена Zic. Дальнейшие исследования сложной природы активности семейства генов Zic должны быть облегчены недавними достижениями в области геномной инженерии и функциональной геномики.
Ключевые слова: Кофактор; Внутреннее расстройство; Мышь; УЗЛОВЫЙ; Плейотропия; SHH; Фактор транскрипции; WNT; Цинковый палец.
Похожие статьи
- Сравнительная геномика генов семейства Zic.
Аруга Дж., Хатаяма М. Аруга Дж. И др. Adv Exp Med Biol. 2018; 1046: 3-26. DOI: 10.1007 / 978-981-10-7311-3_1. Adv Exp Med Biol. 2018. PMID: 29442314 Рассмотрение.
- Гены Zic у рыбок данио опосредуют передачу сигналов развития.
Вината С.Л., Корж В. Winata CL, et al. Adv Exp Med Biol. 2018; 1046: 157-177. DOI: 10.1007 / 978-981-10-7311-3_9. Adv Exp Med Biol. 2018. PMID: 29442322 Рассмотрение.
- Роль белков семейства Zic в регуляции транскрипции и ремоделировании хроматина.
Хатаяма М., Аруга Дж. Hatayama M, et al. Adv Exp Med Biol. 2018; 1046: 353-380.DOI: 10.1007 / 978-981-10-7311-3_18. Adv Exp Med Biol. 2018. PMID: 29442331 Рассмотрение.
- Нечетная пара: ген Zic у дрозофилы.
Hursh DA, Stultz BG. Hursh DA, et al. Adv Exp Med Biol. 2018; 1046: 41-58. DOI: 10.1007 / 978-981-10-7311-3_3. Adv Exp Med Biol. 2018. PMID: 29442316 Рассмотрение.
- Ascidian Zic Genes.
Satou Y, Imai KS. Satou Y и др. Adv Exp Med Biol. 2018; 1046: 87-106. DOI: 10.1007 / 978-981-10-7311-3_6. Adv Exp Med Biol. 2018. PMID: 29442319 Рассмотрение.
Процитировано
6 артикулов- Дефекты нервной трубки и гипометилирование ZIC4 в связи с воздействием полициклических ароматических углеводородов.
Хуанг И, Линь С, Ван Ц, Пи Х, Цзинь Л, Ли З, Ван Л, Рен А. Хуанг Y и др. Front Cell Dev Biol. 2020 16 ноября; 8: 582661. DOI: 10.3389 / fcell.2020.582661. Электронная коллекция 2020. Front Cell Dev Biol. 2020. PMID: 33304900 Бесплатная статья PMC.
- Менингиомы с точки зрения развития: изучение перекрестка менингеальной эмбриологии и туморогенеза.
Боэтто Дж., Пейр М., Каламаридес М. Боэтто Дж. И др. Acta Neurochir (Вена). 2021 Янв; 163 (1): 57-66. DOI: 10.1007 / s00701-020-04650-w. Epub 2020 20 ноя. Acta Neurochir (Вена). 2021 г. PMID: 33216210 Рассмотрение.
- Генетика, лежащая в основе взаимодействия между клетками нервного гребня и развитием глаз.
Weigele J, Bohnsack BL. Weigele J, et al.J Dev Biol. 2020 Ноябрь 10; 8 (4): 26. DOI: 10.3390 / jdb8040026. J Dev Biol. 2020. PMID: 33182738 Бесплатная статья PMC. Рассмотрение.
- Систематизированные репортерные анализы показывают, что регуляторные способности белка ZIC зависят от подкласса и контекста сайта связывания фактора транскрипции.
Ахмед Дж. Н., Диаманд КЕМ, Беллчемберс Х. М., Аркелл Р. М.. Ахмед Дж. Н. и др. Научный представитель2020 4 августа; 10 (1): 13130. DOI: 10.1038 / s41598-020-69917-9. Научный представитель 2020. PMID: 32753700 Бесплатная статья PMC.
- Биология развития мозговых оболочек.
Дасгупта К., Чон Дж. Дасгупта К. и др. Бытие. 2019 Май; 57 (5): e23288. DOI: 10.1002 / dvg.23288. Epub 2019 13 марта. Бытие. 2019. PMID: 30801905 Бесплатная статья PMC. Рассмотрение.
Условия MeSH
- Мультигенная семья / физиология *
- Передача сигналов / физиология *
- Факторы транскрипции * / генетика
- Факторы транскрипции * / метаболизм
- Транскрипция, генетика / физиология *
- Цинковые пальцы / физиология *
LinkOut — дополнительные ресурсы
Источники полных текстов
Источники другой литературы
Систематизированные репортерные анализы показывают, что регуляторные способности белка ZIC зависят от подкласса и контекста сайта связывания фактора транскрипции
Плазмиды
Генерация V5-DEST, V5-ZIC2-wt, V5-ZIC3-wt, V5-ZIC5-wt , V5-ZIC3-katun, V5-ZIC3-C268X, V5-ZIC3-Q292X, V5-ZIC3-1507insTT и V5-ZIC3-K408X были описаны ранее 18 , как и V5-ZIC2-C371S 46 .Репортерная конструкция APOE (B: luc + : APOE) была подарком Франсиско Зафра (Centro de Biología Molecular, Universidad Autonoma de Madrid, Испания) 17 . pGL4.20 (B: luc2 ) была приобретена у Promega (каталожный номер E675A). Остальные плазмиды были получены следующим образом.
Экспрессионные конструкции
Экспрессивные конструкции были созданы с использованием технологии межсетевого рекомбинационного клонирования (Life Technologies). Исходный клон, содержащий представляющий интерес белок, кодирующий последовательность ДНК (CDS), был создан с использованием вектора pENTR3C (Life Technologies).Экспрессионные плазмиды были созданы путем переноса CDS в вектор экспрессии pcDNA3.1 / nV5-DEST (Life Technologies).
pENTR3C-ZIC1-wt: полноразмерные CDS ZIC1 амплифицировали с помощью ПЦР из pcDNA-ZIC1-wt (подарок Кэтлин Миллен, Исследовательский фонд детской больницы Сиэтла, США) и клонировали в сайты EcoR I pENTR3C (Life Technologies) с использованием системы клонирования In-Fusion Dry-Down PCR Cloning System (Clontech).
pENTR3C-ZIC4-wt: полноразмерные CDS ZIC4 клонировали с помощью ПЦР, амплифицируя первые 213 п.н. CDS ZIC4-wt из геномной ДНК (клеток HEK293T), в то время как 214-1005 часть ZIC4 была амплифицирована с помощью PCR из pcDNA- ZIC4-wt_214-1005 (подарок Кэтлин Миллен, Исследовательский фонд детской больницы Сиэтла, США).Полноразмерный CDS ZIC4 был создан путем объединения этих фрагментов в ПЦР с перекрывающимся расширением и клонирован в сайты EcoR I pENTR3C (Life Technologies) с использованием системы клонирования In-Fusion Dry-Down PCR Cloning System (Clontech).
pENTR3C-ZIC5-C528S: ПЦР с перекрывающимся расширением использовали для введения мутации C528S в pENTR3C-ZIC5-WT с целью создания pENTR3C-ZIC5-C528S.
pENTR3C-ZIC1-C339S, pENTR3C-ZIC3-E155X, pENTR3C-ZIC3-C268S, pENTR3C-ZIC3-C302S, pENTR3C-ZIC3-C335S, pENTR3C-ZIC3-C365S, pENTR3C-ZIC3-C393S и pENTR3C-ZIC4-C241S : мутации были созданы с использованием набора QuikChange Lightning Site-Directed Mutagenesis (Agilent Technologies; Cat.№ 210518) в соответствии с инструкциями производителя.
pENTR3C-ZIC3-ZOCdel, pENTR3C-ZIC3-ZFNCdel, pENTR3C-ZIC3-Ndel, pENTR3C-ZIC3-Aladel, pENTR3C-ZIC3-Hisdel, pENTR3C-ZIC3-SANCdel, pENTR3C-ZIC3-SANCdel и pENTR3C-Site были сделаны мутантами-мутантами-SANCdel и pENTR3Cdel-мутантами-мутантами -site-SANCdel и pENTR3 были сделаны мутантами-SiteR-Site3Cdel и pENTR3C делениями-мутантами. -Направленная ПЦР мутагенеза. ПЦР мутагенеза выполняли с использованием смеси PfuUltra II Hotstart PCR Master Mix (Agilent Technologies; Кат. № 600850) с использованием 10 нг pENTR3C-ZIC3-wt в соответствии с инструкциями производителя. После ПЦР амплифицированную ДНК очищали осаждением этанолом и расщепляли ферментом Dpn I (NEB; кат.№ R0176) на 2 ч. ДНК снова очищали осаждением этанолом и трансформировали в E. coli . Бактериальные колонии проверяли на правильную плазмиду с помощью секвенирования ДНК.
Все клоны Entry (pENTR3C) были перенесены в вектор экспрессии pcDNA3.1 / nV5-DEST с помощью реакции клоназы Gateway LR (Life Technologies) для получения V5-ZIC1-wt, V5-ZIC1-C339S, V5-ZIC3 -E155X, V5-ZIC3-C268S, V5-ZIC3-C302S, V5-ZIC3-C335S, V5-ZIC3-C365S, V5-ZIC3-C393S, V5-ZIC4-C241S V5-ZIC3-ZOCdel, V5-ZIC3-ZFN V5-ZIC3-Ndel, V5-ZIC3-Aladel, V5-ZIC3-Hisdel, V5-ZIC3-SANCdel, V5-ZIC3-SACCdel, V5-ZIC4-wt, V5-ZIC4-C241S и V5-ZIC5-C528S.
Репортерные конструкции
B: luc2 : β-глобин, B: luc2 : c-fos, B: luc2 : TK: промотор β-глобина был амплифицирован с помощью ПЦР из плазмиды pKS: β-глобин: lacZ 48 , промотор c-fos амплифицировали с помощью ПЦР из плазмиды TOPflash: c-fos (подарок д-ра Сабин Тейпар, отделение онкологии, Католический университет Лёвена, Бельгия), промотор TK амплифицировали с помощью ПЦР из плазмиды TOPflash: TK. (Биотехнология северных районов). Каждый ампликон клонировали в B: luc2 с использованием сайтов Hind III.
B: luc2 : APOE, B: luc2 : APOE: β-глобин, B: luc2 : Nanog, B: luc2 : Nanog: β-глобин, B: luc2 : Foxd3 и B: luc2 : Foxd3: β-глобин: область промотора APOE амплифицировали с помощью ПЦР из B: luc + : APOE; область промотора Nanog амплифицировали с помощью ПЦР из геномной ДНК мыши; область мыши, эквивалентная куриному Foxd3 ZIC1-чувствительному энхансеру 49 , была идентифицирована в RVista.ZRE и фланкирующую последовательность (270 п.о. вверх и вниз) амплифицировали с помощью ПЦР из геномной ДНК C57BL / 6J. Каждый ампликон клонировали в B: luc2 и B: luc2 : β-глобин с использованием сайтов Kpn I и Bgl II.
B: luc2 : Z3M2: синтетический энхансер Z3M2 был сконструирован с использованием прямых и обратных олигомеров (Gene Link), которые содержали шесть повторов Z3M2 (5′-CCC AGC GGG G-3 ‘), разделенных 5-нуклеотидом. спейсерный фрагмент (5’-TAG AA-3 ‘). Олигомеры смешивали в молярном соотношении 1: 1 и разбавляли до концентрации 1 пмоль / мкл в буфере для отжига олигомеров [10 мМ Трис (pH = 8.0), 0,1 мМ ЭДТА, 50 мМ NaCl]. Отжиг проводили в термоциклере для ПЦР по следующей программе: 95 ° C в течение 5 мин, затем снижение температуры на 1 ° C / мин в течение 70 мин. Отожженные олигомеры очищали осаждением этанолом и клонировали в B: luc2 с использованием сайтов Kpn I и Hind III.
B: luc2 : Z3M2: β-глобин: Промотор β-глобина (амплифицированный ПЦР с использованием Ark1510_F и Ark1507_R) клонировали в вектор B: luc2 : Z3M2 с использованием сайтов Hind III.
B: luc2 : Z3mtt: β-глобин: вектор был получен спонтанно во время обычного размножения плазмиды. Сайт Z3M2 был изменен на 5′-CTA TCC CTG GGG GAG GGG GC-3 ‘.
Культивирование клеток, трансфекция и вестерн-блоттинг
Культивирование клеток, трансфекции и вестерн-блоттинг выполняли, как описано ранее. 18 . В каждом эксперименте ядерную фракцию использовали для обнаружения экспрессии трансфицированных белков ZIC с использованием α-V5 (разведение 1: 3000; Life Technologies, R960-25) и для оценки равных количеств загрузки образца α-TATA-связывающего белка (TBP) ( Разведение 1: 2000; Abcam, ab818) или α-LaminB1 (1: 1500; Abcam, ab16048).
Люциферазные анализы
Люциферазные анализы проводили, как описано ранее 18 со следующими модификациями. Приблизительно 2 × 10 5 клеток, выращенных в 12-луночных планшетах, обработанных культурой клеток с плоским дном (Costar, CLS3513), трансфицировали в целом 1,6 мкг ДНК на лунку: 0,6 мкг репортерной конструкции и либо 1,0 мкг экспрессионная конструкция или отрицательный контроль V5-DEST. Через 6 часов после трансфекции клетки диссоциировали от ростовой поверхности с использованием 0.5 г / л трипсина (Life Technologies) и три повторных образца, полученные путем высева каждой трансфекции в трех экземплярах на 96-луночный планшет, обработанный твердой белой тканью (Costar, CLS3917). Через 18 ч после повторного посева клетки в каждой лунке лизировали путем инкубации со 100 мкл люциферазного субстрата в разведении 1: 1 (ONE-Glo Luciferase Assay System, Promega) с модифицированной Дульбекко средой Игла (DMEM: Life Technologies) и люминесценция из каждой лунки, измеренная с помощью TECAN Infinite M1000 Pro.
Для каждой точки данных активность люциферазы нормализовали до соответствующего отрицательного контроля значения люциферазы V5-DEST (так, чтобы значение V5-DEST становилось равным 1) для определения относительной активности люциферазы: RLA. После нормализации среднее значение RLA и стандартное отклонение (SD) были рассчитаны из трех повторов (с использованием Microsoft Excel). Каждую трансфекцию повторяли три независимых раза (обозначено N), и общий набор данных анализировали, как описано в разделе «Статистический анализ» ниже.
pIP-qPCR
Клетки HEK293T, выращенные в 100 мм чашках TC (Sigma-Aldrich; CLS430167), трансфицировали 8 мкг репортерной конструкции B: luc2 : Z3M2 или пустой контрольной пустой векторной скелетной цепи отрицательного контроля pGL4.20 ( B: luc2) и 16 мкг конструкции V5-ZIC-wt или V5-ZIC-вариант. Через шесть часов после трансфекции клетки отделяли от поверхности роста с использованием 0,5 г / л трипсина и высевали в чашки TC 150 мм (Iwaki; 3030-150). Через 24 часа после трансфекции среду удаляли и комплексы белок-ДНК перекрестно связывали с 1.25% формальдегида (мас. / Об.) (Sigma-Aldrich; F8775) при комнатной температуре в течение 10 мин. Сшивание прекращали добавлением 125 мМ глицина (Amresco; каталожный № 0167) и клетки трижды промывали ледяным 1 × PBS. Клетки соскребали в ледяном 1 × PBS, содержащем 0,02% Tween20 (Sigma-Aldrich; P7949), и осаждали центрифугированием. Осадок ресуспендировали в 1,8 мл буфера для обработки ультразвуком [50 мМ Hepes (pH 7,9), 140 мМ NaCl, 1 мМ EDTA, 1% Triton X-100, 0,1% Na-дезоксихолата, 0,1% SDS и ингибиторов протеаз (AEBSF и PMSF). )].Клетки обрабатывали ультразвуком для получения средней длины хроматина 500 п.н. с использованием Bioruptor (Diagenode) при 4 ° C. Для отделения клеточного дебриса образцы, обработанные ультразвуком, центрифугировали (18000 g, 5 мин, 4 ° C).
Хроматин предварительно очищали смесью 1: 1 протеина A (Novex; 10001D) и протеина G (Novex; 10003D) Dynabeads в течение 2 ч при 4 ° C на вращающейся платформе. Предварительно очищенный хроматин инкубировали с 7 мкг антитела α-V5 (Abcam; ab9116) в буфере для обработки ультразвуком с ингибиторами протеаз (вращение в течение ночи, 4 ° C).На следующий день шарики промывали при 4 ° C один раз ледяным буфером для обработки ультразвуком (с ингибиторами протеаз) и трижды буфером для обработки ультразвуком, содержащим 500 мМ NaCl (с ингибиторами протеаз), с последующей одной промывкой ледяным хлоридом лития (LiCl ) буфер (250 мМ LiCl, 10 мМ Трис-HCl (pH 8,0), 1 мМ EDTA, 0,5% NP-40 и 0,5% Na-дезоксихолат) и две промывки TE (10 мМ Трис-HCl (pH 8,0), 1 мМ ЭДТА). Гранулы ресуспендировали в 91,5 мкл ТЕ и обрабатывали 0,5 мкг РНКазы A (Thermo Fisher Scientific; Cat.№ EN0531) при 37 ° C в течение 30 мин. Сшивки обращали путем добавления 5 мкл 10% SDS и 50 мкг протеиназы K (Thermo Fisher Scientific; каталожный № EO0491) и инкубации при 65 ° C в течение 5 часов. ДНК экстрагировали с помощью системы очистки AMPure (согласно протоколу производителя).
кПЦР выполняли с использованием 1 мкл разведения исходной (10%) или pIP-обогащенной ДНК 1:10, ImmoMix (Bioline; Кат. № BIO-25020), 0,5 мкМ Ark1566_F (5′-CATTTCTCTGGCCTAACTGG-3 ‘ ) и праймеры Ark1567_R (5’-AACAGTACCGGATTGCCAAG-3 ‘) и краситель SYBR Green в объеме 10 мкл.ПЦР выполняли с использованием машины для ПЦР в реальном времени StepOne (Applied Biosystems) при следующих условиях цикла ПЦР: 95 ° C в течение 5 минут, затем 40 циклов при 95 ° C в течение 15 секунд, 55 ° C в течение 20 секунд и 72 ° C в течение 30 секунд и стадия кривой плавления, которая включала 95 ° C в течение 15 секунд, 55 ° C в течение 1 минуты и повышение температуры на 0,3 ° C каждые 15 секунд, пока она не достигла 95 ° C. Данные были проанализированы с использованием программного обеспечения StepOne (v2.3). Количество осажденной целевой ДНК определяли относительно количества неиммунопреципитированной (входящей) ДНК, используя метод процентного входа, как описано на: https: // www.thermofisher.com/au/en/home/life-science/epigenetics-noncoding-rna-research/chromatin-remodeling/chromatin-immunoprecipitation-chip/chip-analysis.html.
Статистический анализ
Люциферазные анализы: Двухфакторный дисперсионный анализ (ANOVA) исходных данных люминесценции, объединенных из трех независимых повторных трансфекций, был выполнен с помощью Genstat. Среднее значение и единичная экспериментальная стандартная ошибка среднего (SEM) были рассчитаны для всех групп лечения. Та же операция, выполняемая для вычисления RLA, использовалась для вычисления нормализованного значения SEM i.е. нормализованные значения SEM для RLA рассчитывали путем деления SEM исходных значений люминесценции на среднее значение люминесценции V5-DEST из трех экспериментальных повторов. Тест Post Hoc с использованием метода коррекции Бонферрони (α = 0,01) был проведен для выявления групп лечения, которые значительно различались. Когда разница между средними значениями двух групп лечения была больше, чем вычисленная наименьшая значимая разница (LSD), методы лечения считались значительно разными. Программа присвоила группе лечения уникальную букву (a, b, c, d, e…), которая значительно отличалась от всех других обработок.Когда разница между средними значениями двух групп лечения была меньше, чем LSD, им присваивалась одна и та же буква, указывающая на отсутствие значимой разницы.
pIP-qPCR: Excel использовался для выполнения t -теста (односторонний) на средних процентных входных значениях.
Исследование циклических характеристик (Zn / PC) // PC ZIC. a) Циклическая стабильность …
Контекст 1
… сформировала иерархическую пористую структуру с явными макропорами, потому что частичные углеродные сферы начали разрушаться при температуре 900 ° C (Рисунок S4, Дополнительная информация).Широкие (002) пики на рентгеновской дифрактометрии (XRD) (рис. S5, подтверждающая информация) указывают на то, что образцы ПК являются аморфными, что соответствует следующим результатам комбинационного рассеяния. PC900 демонстрирует более острые пики (002), чем PC700 и PC800, что согласуется с увеличенной интенсивностью пика 2D-комбинационного рассеяния PC900 (признак наложения слоев графена) в спектрах комбинационного рассеяния (рис. 1e). …
Контекст 2
… Чтобы продемонстрировать эффективность нашей стратегии нанесения углеродного покрытия, для сравнения был протестирован полный элемент Zn // PC, состоящий из катода PC800 и неизолированного анода Zn.В циклическом испытании GCD Zn // PC ZIC отработал только 4092 цикла, а затем закоротил, в то время как (Zn / PC) // PC показал сверхдлительный срок службы 30 000 циклов с сохранением высокой емкости 99,2% при плотность тока 20 А / г (рис. 5а). Первые кривые НОД Zn // PC и (Zn / PC) // PC ZIC похожи по форме (рис. 5b). …
Контекст 3
… циклический тест GCD, Zn // PC ZIC выполняет только 4092 цикла, а затем закорачивает, в то время как (Zn / PC) // PC продемонстрировал сверхдлительный срок службы 30 000 циклов с сохранением высокой емкости 99.2% при плотности тока 20 А / г (рис. 5а). Первые кривые НОД Zn // PC и (Zn / PC) // PC ZIC похожи по форме (рис. 5b). Однако Zn // PC ZIC не может быть заряжен в 4902-м цикле из-за короткого замыкания (рис. 5c), в то время как Zn / PC-ZIC демонстрирует аналогичные кривые GCD в 1-м и 30-тысячном циклах, что мало замирание емкости (рисунок 5d). …
Контекст 4
… 1-е кривые НОД Zn // PC и (Zn / PC) // PC ZIC похожи по форме (рис. 5b).Однако Zn // PC ZIC не может быть заряжен в 4902-м цикле из-за короткого замыкания (рис. 5c), в то время как Zn / PC-ZIC демонстрирует аналогичные кривые GCD в 1-м и 30-тысячном циклах, что мало замирание емкости (рисунок 5d). Zn // PC ZIC отказал из-за проникновения дендрита Zn через сепаратор (Рисунок S16, Дополнительная информация). …
Контекст 5
… 1-е кривые НОД Zn // PC и (Zn / PC) // PC ZIC похожи по форме (рис. 5b). Однако Zn // PC ZIC не может быть заряжен в 4902-м цикле из-за короткого замыкания (рис. 5c), в то время как Zn / PC-ZIC демонстрирует аналогичные кривые GCD в 1-м и 30-тысячном циклах, что мало замирание емкости (рисунок 5d).Zn // PC ZIC отказал из-за проникновения дендрита Zn через сепаратор (Рисунок S16, Дополнительная информация). …
Контекст 6
… Zn // PC ZIC отказал из-за проникновения дендрита Zn через сепаратор (рисунок S16, вспомогательная информация). Из-за неоднородного покрытия и удаления цинка во время процессов заряда и разряда, острый дендрит цинка образовался постепенно и пробил сепаратор Zn // PC ZIC на 4092-м цикле (рис. 5e, f).Напротив, PC800 может предоставить несколько активных центров для гомогенного осаждения Zn. …
Контекст 7
… наоборот, PC800 может предоставить несколько активных центров для гомогенного осаждения Zn. Анод (Zn / PC) // PC ZIC показывает равномерно распределенные частицы цинка в форме моркови, а не дендрит цинка на поверхности PC800 (рис. 5g; рис. S16a-c, вспомогательная информация). Кроме того, были выполнены спектры электрохимического импеданса (EIS) (Zn / PC) // PC ZIC, чтобы сравнить стабильность (Zn / PC) // PC ZIC до и после циклического испытания (рисунок S17, вспомогательная информация)….
Активность зиготического пионерского фактора Odd-paired / Zic необходима для позднего функционирования сети сегментации дрозофилы
Рецензент № 1:
[…] 1) Было бы полезно сравнить количество пиков, идентифицированных без использования анализа IDR, для сравнения с другими наборами данных, которые не используют помеченный аллель и, следовательно, не могут использовать IP от дикого типа в качестве контроля. Если дополнительные пики идентифицированы в этом менее строгом анализе, обогащены ли эти пики центрированным мотивом Opa? Это может указывать на то, что используемые строгие методы позволяют идентифицировать только самые надежные сайты связывания Opa.Учитывая, что анализ ATAC-seq на мутанте opa сосредоточен только на этих регионах, некоторая дополнительная информация может быть получена путем изучения потенциальных дополнительных сайтов.
См. Ниже в ответе на пункт 2, как мы включили более широкий список пиков в описание влияния Opa на доступность хроматина. Мы решили выполнить анализ IDR, чтобы получить наиболее достоверные пики из трех биологических образцов, использованных в нашем анализе ChIP-seq.Это делается в первую очередь для того, чтобы использовать строгий, систематический подход с использованием пороговых значений, основанный на данных, для объявления набора пиков. Мы рассматриваем это как особенность, а не как недостаток нашего анализа. Мы не можем достаточно подчеркнуть это: если кто-то хочет воспроизвести эти исследования, подход, который мы здесь использовали, является лучшим методом, который мы знаем, чтобы гарантировать, что то, что мы сообщаем здесь, не только верно в наших руках, но, вероятно, также будет наблюдаться в независимых Руки. Однако мы также понимаем точку зрения рецензента: отбрасываем ли мы какую-либо информацию из-за строгости? Да: в пиках «не-IDR» есть дополнительные области, которые связывают Opa и содержат центрированный мотив Opa (номера ниже).Однако они, как правило, имеют более низкую общую интенсивность и показывают большие различия в интенсивностях между повторностями, чем мы уверены в том, чтобы включить их в набор пиков, на которых мы сосредоточились. С практической точки зрения: это не те части генома, где действительно хотелось бы сосредоточиться на изучении функции Opa. Мы предоставили GEO необработанные данные, а также краткие сведения о покрытии (файлы в формате .wig) для всех исследователей, заинтересованных в воспроизведении этих анализов и сосредоточении внимания на этом более широком спектре сайтов связывания Opa.
Подход IDR заключается в вызове пиков с помощью MACS2 с использованием чрезвычайно высокого (т. Е. Слабого) порогового значения p (0,05), а затем использования воспроизводимости между повторениями оценок пикового рейтинга в этом списке для определения, какие пики являются устойчивыми, воспроизводимыми Opa цели. MACS очень хорошо сообщает о любой незначительной значимой кратной разнице между контрольными и экспериментальными образцами ChIP, и неизменно наименее устойчивыми из этих так называемых пиков являются либо шум, который попал не на ту сторону отсечки значения p, либо действительно слабые, зашумленные взаимодействия, которые может не требовать особого внимания.Для прозрачности этого анализа мы теперь указали в описании результатов на основе Opa ChIP количество пиков, с которых мы начали (см. Ниже), и то, что осталось после IDR-фильтрации. Мы также добавили пару столбцов в список пиков ATAC, в которых указано, перекрывается ли пик ATAC со списком пиков, отфильтрованных по нестрогому или IDR.
Список слабых пиков MACS2 для всех репликатов, объединенных вместе, который использовался в качестве входных данных для анализа IDR, содержит 3553 пика, из которых 879 прошли IDR-фильтр (24.7%). Мы подсчитали общее количество мотивов Opa во всем геноме (n = 69373, 80% соответствует Opa PWM, как сообщает MEME). Из них 2462 (3,5%) совпадают со всем списком пиков. В этом наборе мотивов Opa во всех пиках 949 (38,5%) мотивов присутствуют в списке пиков IDR, а остальные 1513 (61,5%) находятся в пиках без IDR. Следовательно, IDR выбирает 24,7% пиков, но они содержат 38,5% доступных мотивов, что позволяет предположить, что IDR обогащает пики некоторым подмножеством доступных мотивов.Число мотивов Opa на один пик колеблется от 0 до 9 в пиках IDR и аналогично от 0 до 8 в пиках без IDR. Однако количество пиков с нулевыми мотивами Opa существенно различается между этими двумя классами пиков. В то время как только 28,9% пиков IDR имеют нулевые мотивы Opa, 55,3% пиков без IDR имеют нулевые мотивы Opa. Следовательно, IDR выбирает пики, которые с большей вероятностью содержат по крайней мере один мотив Opa. Для всех пиков, которые содержат по крайней мере один мотив Opa, существует аналогичное среднее расстояние между вершиной пика и ближайшим мотивом Opa, равное 17.24 ± 3,90 п.н. (IDR) и 21,21 ± 3,31 п.н. (без IDR).
Мы считаем, что у нас есть веские основания для выбора использования IDR для выбора набора пиков ChIP-seq, на которых следует сосредоточиться, и поэтому мы не проводили повторный анализ наших данных, расширяя наш список пиков. Чтобы ответить на более общую точку зрения рецензента, мы (в ответ на пункт 2 ниже) включили анализ эффектов потери и усиления функции Opa по всему списку пиков ATAC-seq. Это напрямую касается точки расширения анализа нашего анализа воздействия Opa на систему.
2) Расширение анализа ChIP особенно важно, учитывая, что анализ ATAC-seq сосредоточен только на строго идентифицированных пиках Opa ChIP. Было бы важно более глобально обсудить изменения в доступности, выявленные у мутанта opa. Похоже, что все эти данные включены в исчерпывающий список пиков ATAC-seq, но их следует обсудить. Сколько локусов в целом становятся доступными и теряют их? Сколько из них перекрывают строго называемые пики Опа? Акцент на строго называемых пиках Opa понятен, но для более широкой оценки воздействия потери Opa на доступность важно сообщать обо всех выявленных изменениях, а не только о тех, которые перекрывают прямые цели.Существуют ли мотивы, избирательно обогащенные Opa-зависимыми или Opa-независимыми регионами, связанными с Opa, которые могут указывать на факторы, которые поддерживают доступность в отсутствие Opa? Есть ли обогащение каких-либо участков генома (энхансеров, промоторов)?
Это правда: большая часть этих данных была включена в исчерпывающий список пиков ATAC, но теперь мы добавили параграф в текст, описывающий рисунок 5 и рисунок 5 — приложение 2 к рисунку, которое описывает общий эффект Opa по отношению к полному набору. пиков, определенных в анализе ATAC.Мы также добавили в список пиков ATAC столбцы, содержащие логические векторы, которые позволяют фильтровать на основе принадлежности к следующим категориям: 1) межгенные; 2) промоутер; 3) экзон; 4) интрон; 5) В «слабом» списке пиков Opa ChIP-seq »6) В« IDR »списке пиков Opa ChIP-seq. Первые четыре из них предназначены для того, чтобы спросить об ассоциации пика с конкретным геномным признаком. Последние два облегчают сравнение пиков ATAC и пиков ChIP и позволяют «более широкий» анализ, запрошенный в пункте 1 выше.
Подводя итог, мы демонстрируем, что изучение влияния опа на доступность в широком списке пиков ATAC позволяет нам оценить степень косвенного влияния опа на доступность хроматина. С помощью этого анализа мы наблюдаем косвенные выигрыши и потери в доступности, зависящие от опа. Ни одна из областей, которые получают доступность, не перекрывается ни с какой формой списка пиков Opa ChIP, все это косвенные эффекты, и нет никаких связанных обогащенных мотивов. ~ 44% областей, которые идут вниз, перекрываются с строгими пиками Opa ChIP, а дополнительные ~ 20% этих областей включены в слабые пики Opa ChIP.Остальные 36% этих областей не представлены в какой-либо форме пиков Opa ChIP и имеют умеренное обогащение длинным богатым аденином мотивом, не соответствующим базам данных мотивов TF. (Существует плохое совпадение с Zn-finger TF с именем jim , но jim не экспрессируется в ранних эмбрионах, поэтому это не лучший фактор-кандидат). Мы считаем, что это еще раз подтверждает необходимость сосредоточить внимание в анализе на прямых целях Opa.
Теперь отметим, что регионы, которые напрямую регулируются Opa, обогащены межгенными регионами и очень сильно истощены для промоторных регионов, аналогично общему набору динамических регионов из данных ATAC (для симметрии мы теперь также добавили эту информацию к текст, описывающий общий набор данных ATAC (рисунок 4)).Мы также включили набор данных Kvon / Stark’s Vienna Tile с подтвержденными энхансерами как в анализ ATAC, так и в анализ Opa, чтобы подтвердить функциональность выявленных нами «межгенных» регионов. Opa обогащает Vienna Tiles функциональной характеристикой «PairRule», которая полностью оправдывает ожидания. Однако мы отмечаем, что набор данных Vienna Tile является неполным, так как представляет только около 14% некодирующего генома. Следовательно, он хорош для поиска классов обогащенных энхансеров, но, вероятно, изобилует ложноотрицательными результатами.Мы тщательно сформулировали нашу интерпретацию анализа обогащения Vienna Tiles, чтобы гарантировать, что мы не делаем выводы на основе недостаточного обогащения для определенного класса.
3) Хотя хорошо продемонстрировано, что Opa влияет на доступность хроматина в сайтах, где он связан, последующие эффекты этой доступности остаются в значительной степени не проанализированными. Было бы полезно провести некоторый ортогональный анализ роли Opa в экспрессии генов. Мутация сайтов связывания Opa в нечетно-позднем репортере и наблюдение, не экспрессируется ли это, было бы полезной демонстрацией прямой роли Opa в этой CRM.Альтернативно, глобальный эффект опосредованной Opa доступности на экспрессию генов можно было бы проанализировать с помощью РНК-секвенирования либо мутанта opa, либо сверхэкспрессии tub-opa.
Спасибо. В настоящее время мы выполняем ортогональный анализ роли Opa в экспрессии генов в рамках нескольких последующих исследований этой работы, о которых будет сообщено отдельно.
4) Воздействие этой рукописи было бы усилено, если бы введение и обсуждение были упрощены для ясности.
Мы отредактировали Введение и Обсуждение (в основном Обсуждение), чтобы упростить его для ясности.
Рецензент № 3:
[…] Общие комментарии:
WT и пятикратные мутантные эмбрионы сравнивают точно в одинаковые сроки. Может ли автор прокомментировать временной статус развития пятерых мутантов с точки зрения задержки развития?
Мы подробно комментируем здесь и включаем в рукопись краткое примечание.
В зависимости от того, как вы хотите думать об этом, это сложный вопрос, а именно: «Что контролирует время развития, особенно когда вы устраняете (или выравниваете) сигналы эмбрионального формирования паттерна». И вместо того, чтобы просто помахать рукой, мы хотели попытаться получить некоторые цифры. Не заходя слишком далеко от философского глубокого конца, мы рассудили, что ранняя временная точка должна быть синхронной, учитывая, что оба мутанта дикого типа и «лишенные паттернов» завершают контролируемую материнской фазой развития с одинаковым числом клеточных делений, которые сами по себе продолжаются. нормальные периоды клеточного цикла, по крайней мере, NC11-13, которые мы можем легко наблюдать.Однако после этого многие из зиготических «вех», с помощью которых можно было измерить течение времени, сами подвергаются влиянию мутантного фенотипа. Одним из маркеров времени, не зависящих от паттерна, является процесс клеточности, и этот процесс завершается на морфологическом уровне у «лишенных паттерна» мутантов с кинетикой, неотличимой от кинетики дикого типа. Мы отмечаем, что все основные гены зиготической клеточности включены в набор регионов, которые теряют доступность равномерно в поздний момент времени (т.е.е., этот процесс эквивалентен между генотипами).
После клеточности эмбрион дикого типа гаструлирует, претерпевая огромные морфологические изменения в течение 15-20 минут. Напротив, мутанты «без паттерна» остаются в виде монослоя эпителия в течение приблизительно 9-10 часов, прежде чем инициировать своего рода морфологическую трансформацию, которую мы еще не исследовали тщательно. Следовательно, эмбрионы дикого типа и мутантные эмбрионы морфологически расходятся в момент гаструляции. Однако во время гаструляции у эмбриона дикого типа зиготические митозы возобновляются в отдельных митотических доменах, которые сами по себе подобны часам, в том смысле, что они всегда возникают в одном и том же порядке и в одном месте, и что время этих доменов связано с пространственной привязкой. ограниченные события формирования паттернов (Враг В.E., Development 1989; Эдгар Б.А. и O’Farrell, P.H., Cell, 1989; Момен-Рокнабади, А. и др., Cell Reports2016). В ходе этих экспериментов мы заметили, что хотя «бесшумные» мутанты остаются в виде эпителиального монослоя, они продолжают выполнять метасинхронные митотические деления, хотя и в течение гораздо более длительных периодов, чем синцитиальные деления. Мы не понимаем механистическую основу этих дополнительных делений у мутанта, но они могут представлять постоянное соблюдение биологических временных механизмов, которые диктуют точное время зиготических митотических доменов.Основываясь на картах митотических доменов V. Foe и нашем ограниченном профиле экспрессии мутантов (например, рис. 2), мы предсказали, что мутантным эмбрионам суждено внести вклад в митотический домен 13, который должен инициировать митоз через 86 минут после начала NC14 (хотя и при 25 ° C). Мы визуализировали вживую 5 мутантных эмбрионов без паттернов, экспрессирующих гистон RFP в конфокальной зоне при температуре около 21 ° C. Из них три инициировали митоз до NC14 + 120 ’(диапазон 92’-119’). Мы потеряли терпение около 120 футов с двумя другими эмбрионами, которые к этому времени не делились.Это говорит о том, что через 120 минут после NC14 в мутантных эмбрионах возникла некоторая временная гетерогенность, при этом некоторые эмбрионы несколько близко прилипли к ожидаемым зиготическим митотическим часам, хотя и с более широкой дисперсией (>> 20 ‘), чем можно было бы ожидать в дикой природе. -тип образец.
Чтобы получить дополнительную оценку синхронности между мутантными эмбрионами дикого типа и «лишенными паттернов», мы визуализировали начало задней экспрессии wingless , используя аллель CRISPR wg-MS2 (любезно предоставленный Hernan Garcia, Cal Berkeley).Мы измеряли начало задней экспрессии wg через 36,0 ± 1,73 минуты у мутантов дикого типа и через 36,7 ± 1,89 минуты у мутантов «без паттернов» (n = 3 на генотип, p = 0,67, t-тест). Если вместо этого мы оценим момент времени, в который задний домен экспрессии wg полностью «включен», это произойдет через 42,3 ± 2,25 минуты у дикого типа и 46,17 ± 6,33 минуты у мутантов (n = 3 на генотип, p = 0,57, t-тест). Эти измерения предполагают, что в более ранние моменты времени, соответствующие периоду, в котором мы проводили наши эксперименты ATAC, время между двумя генотипами более синхронно.
Наконец, мы отмечаем, что наши реплики NC14 + 72 ’в момент времени имеют аналогичное кластерное распределение в рамках анализа PCA, что позволяет предположить, что мы измерили воспроизводимое, одинаково вариантное событие в каждом генотипе. Мы также идентифицируем значительное количество геномных регионов, которые подвергаются изменениям в доступности (выигрыш или потеря) в обоих генотипах, и это обогащение мотивов поддерживает идею о том, что эти регионы контролируются единообразно выраженными факторами. Мы считаем, что, хотя интересен более широкий вопрос о том, является ли течение времени у мультипликативного мутантного эмбриона таким же, как у дикого типа, этот часовой период, в течение которого мы выбрали для проведения наших измерений, остается достаточно синхронным между двумя генотипами, чтобы мы уверены в нашем разграничении событий, зависящих от паттернов и не зависящих от них.
Изучение этого более широкого вопроса о времени при отсутствии входных данных будет выполнено в другом месте. Однако мы добавили в рукопись краткое примечание, когда мутанты впервые представлены, что мы уверены, что эмбрионы дикого типа и мутантные эмбрионы развиваются с одинаковой скоростью и остаются сопоставимыми, по крайней мере, до стадии ранней гаструлы.
Поскольку новым захватывающим открытием этого исследования является тот факт, что опа действует как фактор первооткрывателя, было бы интересно обсудить а) определяющие свойства фактора первопроходца и б) какие из этих свойств опа, по-видимому, выполняет, а какие — все еще неясно.В таком обсуждении было бы интересно сравнить с Zelda, которая является еще одним пионерским фактором, который, как было показано, действует как количественный временной таймер экспрессии генов. Кроме того, доказательства того, что opa способна поражать свои мишени даже в контексте нуклеосомной ДНК, в настоящее время отсутствуют. Я согласен с тем, что проведенный авторами биоинформатический анализ согласуется с этой гипотезой; однако, чтобы избежать путаницы в будущем, было бы идеально четко изложить это в Обсуждении.
Теперь мы подробно сравним наблюдаемую активность пионеров Opa с деятельностью Zelda в обновленном Обсуждении.В целом, с точки зрения доли сайтов с прямым связыванием, Opa и Zld имеют сходный эффект на доступность хроматина. Schulz et al., 2015 определяет, что потеря zelda приводит к потере доступности ~ 28% сайтов. Это сопоставимо с ~ 30% потерь Opa, которые мы наблюдаем. Мы также сформулировали это в рамках обсуждения того, что делает пионера пионером: хотя мы не продемонстрировали напрямую связывание Opa с мотивом, закрытым нуклеосомами, наши измерения согласуются с этой возможностью, и мы указываем на то, что необходимо провести дополнительную работу. быть сделано на этом для окончательного ответа.
Не могли бы авторы предоставить статистику: сколько энхансеров проанализировано на рис. 3C, D и на рис. 1A? На рисунке 3E указано количество пиков, но, поскольку энхансер может демонстрировать несколько пиков, трудно сделать вывод о количестве рассмотренных CRM.
Рисунок 3C (PCA) выполняется для всего набора пиков с дифференциальным выражением, определенным с помощью DESeq2. Это не избирательно для энхансеров. Количество CRM в сети сегментации (рисунки 1A, 3D) описано в тексте, сопровождающем рисунок 3.Мы добавили таблицу включенных CRM в текст, сопровождающий рисунок 1. Числа см. В ответе на первый конкретный комментарий чуть ниже.
Особые комментарии:
— Рукопись начинается с сосредоточения внимания на небольшом наборе известных CRM в сети сегментации. Могут ли авторы назвать число энхансеров сети сегментации, для которых они наблюдают динамическое изменение доступности хроматина? Можно ли было бы распространить этот анализ на другой тип энхансеров, такой как сеть формирования паттернов D / V?
Наш список усилителей сегментации сети, полученный из базы данных Redfly, насчитывает 111 сайтов.Эти числа были в первоначальном представлении, когда мы обсуждали зависимость формирования паттерна в этой сети: 18 энхансеров гена пробелов, 60 энхансеров парных правил и 33 энхансера полярности сегментов. Для ясности мы добавили в текст, сопровождающий рисунок 1, следующие дополнительные таблицы: 5/18 (27,8%) энхансеров гена пробела, 17/60 (28,3%) энхансеров парных правил и 11/33 (33,3%) сегментации. усилители полярности со временем меняют доступность. В целом 29,8% энхансеров в этой сети претерпевают статистически значимое изменение доступности с течением времени.
Мы не распространяли этот анализ на сеть D / V, потому что здесь мы решили использовать латерализующий аллель Toll ( RM9 ), который сохраняет некоторую долю дорсальной экспрессии (цитируется в тексте). Если Dorsal влияет на паттерны доступности, эта активность может оставаться неизменной у этих мутантов Tl , и поэтому мы недооцениваем вклад Dorsal в доступность. В будущем исследовании мы будем модулировать судьбы D / V, чтобы напрямую ответить на этот вопрос. С этой целью, однако, мы включили в исходное сообщение раздел «Обсуждение», посвященный вопросу о том, нужно ли модулировать доступность по оси D / V материнскими факторами.Мы прогнозируем, что это не так, по крайней мере, на раннем этапе. Формирование паттерна вдоль оси A / P определяется одиночными генами с множеством полос на всех уровнях сетевой организации, и мы наблюдали (Hannon, 2017), что одна из функций Bicoid — это новаторские энхансеры, специфичные для переднего домена knirps и гигантских , а также eve1 и множество «генов разрыва головы» среди других. Ранние гены D / V, с другой стороны, активируются в отдельных доменах вдоль оси D / V и поэтому могут не требовать условных состояний доступности для создания достаточной сложности паттерна пространственной экспрессии.Окончательный тест будет заключаться в сравнении доступности в аллельной серии мутантов Tl . Остается возможным, однако, что изменения в доступности сопровождают обязательство клеточного клона и различают, напр., Мезодерму, нейроэктодерму и эктодермальные траектории. В поддержку этих наблюдений зарегистрированное одноклеточное исследование ATAC (Cusanovich) выявило несколько отдельных ранних кластеров клеток, различающихся вдоль оси A / P, но единственные D / V-отличные кластеры возникли на более продвинутых стадиях и очертили мезодермальные и нейроэктодермальные подписи.
Чтобы расширить наши наблюдения, мы теперь сравнили наш список дифференциально доступных регионов с набором экспериментально подтвержденных энхансерных элементов Квона / Старка (Vienna Tiles). Эти результаты позволяют оценить, какие дополнительные системы могут показывать высокую перепредставленность в наших различных группах динамических регионов. Как обсуждается в ответе ниже, мы попытались тщательно сбалансировать информационную перегрузку исследования геномики с извлечением значимой информации об эмбриональном развитии.Следовательно, мы по-прежнему уделяем основное внимание сети сегментации, но расширили область анализа, чтобы поддержать идею о том, что это явление не обязательно ограничивается только этой сетью.
— Поскольку данные ATAC-seq были выполнены на тщательно подготовленных одиночных эмбрионах, было бы интересно извлечь больше информации, чем небольшой набор усилителей сегментации.
Мы решили сосредоточиться на усилителях сегментации, потому что они, по большей части, представляют собой всеобъемлющую GRN, которая будет окончательно нарушена нашим генетическим подходом.Сосредоточив внимание на всеобъемлющей сети, мы считаем, что это фокусирует геномный анализ обратно на эмбрионе, а не на более абстрактных тепловых картах, наборах генов и p-значениях. Мы предоставили необработанные и обработанные данные, а также всесторонне аннотированные списки пиков (с результатами тестов дифференциального обогащения), чтобы другие исследователи могли запросить их, и, конечно же, мы не исчерпали аналитические возможности для этого набора данных.
Один менее хорошо охарактеризованный презумптивный GRN д. Быть тем, который управляет ранним задним энтодермальным развитием у мух.В наших экспериментах мы определили, вероятно, набор предполагаемых CRM, которые работают в этой линии в группе пиков, которые имеют повышенную доступность у мутанта по сравнению с диким типом. Теперь мы выделяем эти области в разделе результатов, связанном с рисунком 4, и подробно обсуждаем эту группу в разделе «Обсуждение».
— Поскольку авторы выполнили opa ChIP-seq, могут ли они проверить, существует ли корреляция между количеством сайтов связывания opa и временем доступности?
Мы обратились к этому следующим образом: мы подсчитали количество мотивов Opa (при 80% совпадении с PWM, сообщенным анализом MEME, связанным с пиками Opa ChIP) по набору пиков ChIP.В целом пик Opa ChIP содержит от 0 до 9 мотивов Opa (среднее значение = 1,08). Набор прямых мишеней Opa, для доступа к которым требуется Opa, имеет от 0 до 9 мотивов (среднее значение = 1,32). Напротив, набор прямых мишеней Opa, которым не требуется Opa для доступа к хроматину, имеет от 0 до 5 мотивов (среднее значение = 0,95). Это указывает на то, что регионы, зависящие от опа, имеют в среднем
Набольше Opa-мотивов, чем Opa-независимых областей, хотя величина этой разницы кажется нам небольшой.Разница между этими значениями статистически значима как по критерию суммы рангов Вилкоксона ( p = 4.026e-6), так и по одностороннему критерию перестановки разницы между средним числом мотивов Opa в пропорционально выбранных случайно выбранных группах ( 1д + 7 испытаний, р = 2д-7). Мы сообщили об этом распределении мотивов в Opa-зависимых и -независимых группах, о среднем количестве мотивов между группами и p-значении теста перестановки. Мы также добавили столбец как к пикам Opa ChIP, так и к пикам ATAC, в которых указано количество мотивов Opa в каждой области пика.
— Могут ли авторы обсудить сходства и различия с пионерским фактором Zelda, поскольку несколько исследований (Foo et al., 2014, Dufourt et al., 2018, Yamada et al., 2019) демонстрируют его функцию в качестве количественного таймера?
Мы сделали это в обновленном Обсуждении.
— На рисунке 6 авторы используют анализ экспрессии генов на подмножестве опа-зависимых CRM, чтобы подтвердить вывод о том, что «основная функция опа — модулировать временно ограниченную доступность подмножества критических CRM».Хотя это и не является существенным для данной рукописи, было бы очень интересно создать репортерные трансгены MS2 для этих критических CRM (например, нечетно-поздний) и изучить эффект добавления дополнительных сайтов опа, чтобы увидеть, достаточно ли этого, чтобы вызвать преждевременную экспрессию (опять же как это делает Зельда, как показано в Yamada et al. и Dufourt et al.).
Мы согласны с тем, что это будет интересный анализ, и благодарим рецензента за предложение. Мы дошли до совместной визуализации экспрессии белка Opa и репортеров MS2 для локусов поздних парных правил, таких как канун-конец и нечет-конец .Мы еще не начали интенсивное тестирование нескольких механистических гипотез, связанных с архитектурой энхансеров и функцией Opa, таких как предложенная выше. В целом это представляет собой значительный объем работы, который будет рассмотрен в будущем исследовании.
https://doi.org/10.7554/eLife.53916.sa2Некролог Вирджинии Зик — Ньютаун, Коннектикут
Вирджиния Ф. Зич, давняя жительница Ньютауна, скончалась в пятницу, 5 февраля, после продолжительной болезни. Она родилась в Чикаго, штат Иллинойс, в 1928 году и была дочерью покойного Джозефа и Мэри (Керсул) Зич.Вирджиния получила степень бакалавра философии в Университете ДеПола, а также ученые степени в области живописи и рисунка и рекламного дизайна в Высшей школе изящных искусств Виллы Скифанойя во Флоренции, Италия, и в Сиракузском университете соответственно. Вирджиния преподавала 35 лет, с 1965 года до выхода на пенсию, в Университете Святого Сердца в Фэрфилде, штат Коннектикут, где она основала художественный факультет, на котором она сконцентрировалась на живописи, иллюстрации и графическом дизайне и который возглавляла три десятилетия .Активный член университетского сообщества, она больше всего будет помнить ее коллеги и студенты как преданный учитель и непревзойденный профессионал. Картины великолепного художника, Вирджинии, отличающиеся экспрессионизмом и яркими цветами, часто выставлялись и в настоящее время украшают дома ее многочисленных поклонников и друзей. Поборница изящных искусств, она была активна в нескольких национальных и местных профессиональных организациях, включая Американское общество современных художников, женщин-художников Коннектикута, Коннектикутское отделение женской фракции искусства и Общество творческих художников Ньютауна (SCAN).По Вирджинии, оставшейся от племянниц и племянников, а также множества преданных друзей и студентов, будет не хватать всех, кто дорожил ее любящей природой и непоколебимой честностью.Христианская месса будет отмечаться в четверг, 18 февраля, в 11:00 в церкви Св. Роуз Лимской, 46 Черч-Хилл-роуд, Ньютаун. Похоронное бюро Хэнань, Ньютаун отвечает за организацию мероприятий. Чтобы оставить онлайн-соболезнования, посетите www.honanfh.com
Чтобы отправить цветы семье или посадить дерево в память о Вирджинии Фрэнсис Зик, посетите наш Магазин искренних симпатий.
Зич назначены на новые руководящие должности в дерматологии | VUMC Reporter
Пол Говер
Давний член факультета Медицинской школы Университета Вандербильта Джон Зик, доктор медицины, профессор дерматологии MMHC, был назначен заместителем председателя по клиническим вопросам в отделении дерматологии и исполнительным медицинским директором Центра дерматологической помощи пациентам (PCC) Медицинского центра Университета Вандербильта. Центр.
Предыдущий заместитель председателя дерматологии по клиническим вопросам Джеффри Байерс, доктор медицины, скончался в январе.9.
John Zic, MD, MMHCДерматологический PCC, насчитывающий 20 клинических факультетов, посещает около 50 000 пациентов и предоставляет около 1 000 стационарных консультаций в год. Имея свою главную клинику в Vanderbilt Health One Hundred Oaks в Нэшвилле, PCC также имеет вспомогательные клиники в Бель Мид, Франклин, Теннесси, и Шелбивилле, Теннесси.
«Джон — занятой общий дерматолог со всемирно известной специализированной практикой, специализирующейся на пациентах с кожной Т-клеточной лимфомой», — сказала Мэг Крен, доктор медицины, профессор и заведующий кафедрой дерматологии.«Его MMHC от Оуэна отточил свои лидерские и управленческие навыки, и в качестве заместителя председателя по стратегическому развитию он руководил важными стратегическими инициативами нашего отдела. У него идеальный талант и навыки, чтобы развить существенные успехи, которых начал Джефф Байерс, и нам очень повезло с ним. Я знаю, что все присоединятся ко мне, чтобы поприветствовать Джона на этой жизненно важной роли для нашего отдела ».
После колледжа в Университете Нотр-Дам, Зик закончил медицинскую школу в Вандербильте, затем стажировался в больнице Чикагского университета и Иллинойсском университете в больнице Чикаго.Он поступил на факультет Вандербильта в 1995 году. В 2017 году он получил степень магистра менеджмента в области здравоохранения в Высшей школе менеджмента Оуэна Вандербильта.
По словам Крен, главным пунктом в новом списке дел Зича является расширение клинических возможностей отделения.
«По мере бума Среднего Теннесси и появления новых работодателей в этом районе, наряду с такими услугами, как первичная медико-санитарная помощь, четвертичная помощь и поведенческое здоровье, доступ к дерматологическим услугам становится относительно высоким с точки зрения ожиданий сотрудников от их медицинского страхования», — сказал Крен.«Наши нынешние усилия по расширению доступа к дерматологическим услугам в Среднем Теннесси напрямую связаны со стратегическим планом VUMC».
С 2006 по 2014 год Зич работал заместителем декана по приему в Медицинской школе Университета Вандербильта. В апреле прошлого года он получил главную педагогическую награду — Премию Р. Майкла Родригеса за обучение студентов-медиков, ординаторов и / или научных сотрудников в клинических условиях.
zic (8) — страница руководства Linux
zic (8) — страница руководства LinuxZIC (8) Системное администрирование Linux ZIC (8)
НАЗВАНИЕ вверху
zic - компилятор часовых поясов
ОБЗОР наверх
zic [ опция ...] [ имя файла ...]
ОПИСАНИЕ вверху
Программа zic считывает текст из файла (ов), указанного в команде.
строка и создает указанные файлы информации о преобразовании времени
в этом входе. Если имя файла - «-», считывается стандартный ввод.
ОПЦИИ вверху
- версия
Вывести информацию о версии и выйти.
--help Вывести короткое сообщение об использовании и выйти. -b раздув
Выведите данные обратной совместимости, как указано в bloat .
Если раздувание равно жир , сгенерируйте дополнительные записи данных, которые
работать над потенциальными ошибками или несовместимостью в старых
программное обеспечение, такое как программное обеспечение, которое неправильно обрабатывает 64-разрядные
сгенерированные данные. Если bloat is slim , сохраните выходные файлы
небольшой; это может помочь проверить наличие ошибок и
несовместимости.Хотя по умолчанию в настоящее время жир ,
это предназначено для изменения в будущих версиях zic , поскольку
программное обеспечение, которое обычно неправильно обрабатывает 64-битные данные
в любом случае неправильно обрабатывает метки времени после 2038 года. Также
см. параметр -r , чтобы узнать о другом способе уменьшения размера вывода.
-d каталог
Создайте файлы информации о преобразовании времени в названном
каталог, а не в стандартном каталоге с именем
ниже. -l часовой пояс
Используйте часовой пояс как местное время. zic будет действовать так, как если бы вход
содержала строку ссылки в форме
Ссылка часовой пояс по местному времени
-L leapsecond имя файла
Прочитать информацию о секундах координации из файла с заданным
название. Если этот параметр не используется, дополнительная секунда отсутствует.
информация появляется в выходных файлах. -p часовой пояс
Используйте правила часового пояса при обработке нестандартных строк TZ
как "EET-2EEST" без правил перехода. zic будет действовать
как если бы вход содержал строку ссылки в форме
Ссылка часовой пояс posixrules
Эта функция устарела и плохо поддерживается. Среди
другие вещи его не следует использовать для отметок времени после
2037 год, и его нельзя совмещать с -b slim
если часовой пояс переходы в стандартное время или
Всемирное время (UT) вместо местного времени. -r [ @ lo ] [ / @ hi ]
Уменьшите размер выходных файлов, ограничив их
применимость к отметкам времени в диапазоне от до
(включительно) на hi (исключая), где lo и hi -
возможно подписанное десятичное число секунд с эпохи
(1970-01-01 00:00:00 UTC). Пропущенные счетчики по умолчанию равны
крайние значения.Например, «zic -r @ 0» пропускает данные.
предназначен для отрицательных отметок времени (т.е. до Эпохи),
и «zic -r @ 0 / @ 2147483648» выводит данные, предназначенные только для
неотрицательные временные метки, которые вписываются в 31-битную подписанную
целые числа. На платформах с GNU date , «zic -r @ $ (date
+% s) »пропускает данные, предназначенные для прошлых отметок времени. Также см
вариант -b slim - еще один способ уменьшить выходной размер.
-t файл
При создании информации о местном времени поставьте
ссылку конфигурации в названном файле, а не в
стандартное расположение. -v Будьте более многословны и жалуйтесь на следующее
ситуации:
Входные данные указывают ссылку на ссылку.
Год, указанный в файле данных, выходит за пределы диапазона
представимые годы.
Во вводе отображается время 24:00 или более. До 1998 г.
версии zic запрещают 24:00 и версии до 2007 г.
запретить раз больше 24:00.
Правило действует после начала или конца месяца.До 2004 г.
версии zic запрещают это.
Аббревиатура часового пояса использует формат % z . До 2015 г.
версии zic не поддерживают это.
Отметка времени содержит доли секунды. До 2018 г.
версии zic не поддерживают это.
Входные данные содержат сокращения, которые неправильно обрабатываются
версии zic до 2018 г. из-за давней ошибки кодирования.Эти сокращения включают «L» для «Link», «mi» для
«Min», «Sa» для «Sat» и «Su» для «Sun».
Выходной файл не содержит всей информации о
долгосрочное будущее часового пояса, потому что будущее
не может быть суммирован как расширенная строка POSIX TZ. Для
Например, по состоянию на 2019 год эта проблема возникает у иранских
правила перехода на летнее время для предсказанного будущего, поскольку эти
правила основаны на иранском календаре, который не может быть
представлен.Вывод содержит данные, которые не могут быть обработаны должным образом.
с помощью клиентского кода, разработанного для более старых форматов вывода zic .
Эти проблемы совместимости влияют только на временные метки до
1970 г. или после начала 2038 г.
Выходной файл содержит более 1200 переходов, которые
могут быть неправильно использованы некоторыми клиентами. Текущая ссылка
клиент поддерживает не более 2000 переходов; до 2014 года
версии эталонного клиента поддерживают не более 1200
переходы.В аббревиатуре часового пояса меньше 3 или больше 6
символы. POSIX требует как минимум 3 и требует
реализации для поддержки не менее 6.
Имя выходного файла содержит байт, не являющийся ASCII.
буква, «-», «/» или «_»; или он содержит имя файла
компонент, содержащий более 14 байтов или начинающийся
с участием "-".
ФАЙЛОВ наверху
Входные файлы используют формат, описанный в этом разделе; выход
файлы используют формат tzfile (5).Входные файлы должны быть текстовыми файлами, то есть они должны быть
серия из нуля или более строк, каждая из которых заканчивается байтом новой строки и
содержащий не более 511 байтов и без байтов NUL. В
кодировка входного текста обычно UTF-8 или ASCII; он должен иметь
унибайтное представление для переносимого набора символов POSIX
(PPCS) ⟨http://pubs.opengroup.org/onlinepubs/9699919799/basedefs/
V1_chap06.html⟩ и не-юнибайтные символы кодировки должны
полностью состоят из байтов, не относящихся к PPCS.Персонажи, не относящиеся к PPCS
обычно встречается только в комментариях: хотя имена выходных файлов и
Аббревиатуры часовых поясов могут содержать практически любые символы, другие
программное обеспечение будет работать лучше, если они будут ограничены
синтаксис описан в параметре -v .
Строки ввода состоят из полей. Поля отделены от одного
другой - одним или несколькими пробелами. Белое пространство
символы: пробел, перевод страницы, возврат каретки, новая строка, табуляция,
и вертикальная табуляция.Начальные и конечные пробелы на вводе
строки игнорируются. Четкий символ (#) без кавычек во вводе
вводит комментарий, который продолжается до конца строки
появляется резкий символ. Пробелы и резкость
символы могут быть заключены в двойные кавычки ("), если они должны быть
используется как часть поля. Любая пустая строка (после комментария
зачистка) игнорируется. Ожидается, что непустые строки будут одной
трех типов: линии правил, линии зон и линии связи.Имена должны быть на английском языке без учета регистра. Они появились
в нескольких контекстах, включая названия месяцев и дней недели и
такие ключевые слова, как максимум , только , Rolling и Zone . Имя может быть
сокращается, опуская все, кроме начального префикса; любой
сокращение должно быть однозначным в контексте.
Строка правила имеет вид
ИМЯ правила ОТ ДО ВХОДИТЬ ПРИ СОХРАНИТЬ БУКВУ / S
Например:
Правило США 1967 1973 - апр, последнее вс 2: 00с 1: 00д D
Поля, составляющие строку правила:
NAME Дает имя набора правил, который содержит эту строку.`{|} ~”.
ИЗ Указывает первый год, в котором применяется правило. Любой
может быть указан год целого числа со знаком; пролептик
Предполагается григорианский календарь, год 0 предшествует году.
1. Слово минимум (или сокращение) означает
неопределенное прошлое. Слово максимум (или сокращение)
означает неопределенное будущее. Правила могут описывать время
которые не могут быть представлены в виде значений времени, с
непредставимое время игнорируется; это позволяет правилам быть
переносится между хостами с разными типами значений времени. TO Указывает последний год, в котором применяется правило. В
кроме минимум и максимум (как указано выше), слово только
(или сокращение) может использоваться для повторения значения
поле ИЗ .
ТИП должен быть «-» и присутствует для совместимости со старыми
версии zic , в которых он может содержать типы года.
IN Назначает месяц, в котором правило вступает в силу.Месяц
имена могут быть сокращены.
ON Указывает день, в который правило вступает в силу. Признанный
формы включают:
5 пятое число месяца
lastSun последнее воскресенье месяца
lastMon последний понедельник месяца
Вс> = 8 первого воскресенья восьмого или после восьмого числа
Вс <= 25 в последнее воскресенье не позднее 25-го числа
Название дня недели (например, воскресенье ) или название дня недели перед
от «последний» (e.г., lastSunday ) может быть сокращен или написан
полностью. Пробелов быть не должно.
в поле ON . Конструкции «<=» и «> =» могут
результат - день в соседнем месяце; например,
Комбинация IN-ON «Oct Sun> = 31» обозначает первую
Воскресенье 31 октября или позже, даже если это воскресенье приходится на
в ноябре.
AT Указывает время суток, в которое правило вступает в силу,
относительно 00:00, начало календарного дня.Признанные формы включают:
2 раза в час
2 часа времени в часах и минутах
01:28:14 время в часах, минутах и секундах
00: 19: 32.13 время с дробными секундами
12:00 полдень, 12 часов после 00:00
15:00 15:00, 15 часов после 00:00
24:00 конец дня, 24 часа после 00:00
260: 00 260 часов после 00:00
-2: 30 2.5 часов до 00:00
- эквивалентно 0
Хотя zic округляет время до ближайшего целого числа секунд
(разрывая связи с четным целым числом), дроби могут быть
полезен для других приложений, требующих большей точности.
Исходный формат не определяет максимальную точность.
За любой из этих форм может следовать буква w , если
заданное время является местным или временем «настенных часов», сек. , если заданное время
время - стандартное время без поправки на дневной свет
сохранение, или u (или g или z ), если данное время универсальное
время; при отсутствии индикатора местные (часы настенные)
время предполагается.Эти формы игнорируют дополнительные секунды; для
Например, если дополнительная секунда наступает в 00:59:60 по местному времени,
«1:00» означает 3601 секунду после полуночи по местному времени.
вместо обычных 3600 секунд. Цель состоит в том, чтобы
строка правила описывает моменты, когда часы / календарь установлены
к типу времени, указанному в поле AT покажет
указанная дата и время суток.
SAVE Дает время, необходимое для добавления к местному стандарту
время, когда действует правило, и будут ли
время стандартное или летнее.Это поле имеет
тот же формат, что и поле AT , за исключением другого набора
буквы суффикса: s для стандартного времени и d для дневного света
экономия времени. Буква суффикса обычно опускается, и
по умолчанию s , если смещение равно нулю, и d в противном случае.
Допускаются отрицательные смещения; в Ирландии, например,
переход на летнее время наблюдается зимой и имеет
отрицательное смещение относительно ирландского стандартного времени.В
смещение просто добавляется к стандартному времени; например, zic
не различает стандартное время 10:30 плюс 0:30
СОХРАНИТЬ из 10:00 по стандартному времени плюс 1:00 СОХРАНИТЬ .
ПИСЬМО / S
Дает «переменную часть» (например, «S» или «D» в
«EST» или «EDT») сокращений часовых поясов, которые будут использоваться, когда
это правило действует. Если это поле «-»,
переменная часть равна нулю.Линия зоны имеет вид
ФОРМАТ ПРАВИЛ STDOFF НАЗВАНИЯ зоны [ДО]
Например:
Зона Азия / Амман 2:00 Иордания EE% sT 2017 27 октября 01:00
Поля, составляющие линию зоны:
NAME Название часового пояса. Это имя используется в
создание файла информации о преобразовании времени для
часовой пояс. Он не должен содержать компонент имени файла «.»
или же ".."; компонент имени файла - это максимальная подстрока,
не содержит "/". STDOFF Количество времени, которое нужно добавить к UT, чтобы получить стандартное время,
без настройки на летнее время. Это поле
имеет тот же формат, что и поля AT и SAVE правила
линии; начните поле со знака минус, если время должно быть
вычитается из UT.
ПРАВИЛА Название правил, которые применяются в часовом поясе или,
в качестве альтернативы, поле в том же формате, что и строка правила
Столбец СОХРАНИТЬ, в котором указано количество времени, которое нужно добавить к
эффект местного стандартного времени, и будет ли полученное время
стандартное или летнее.Если это поле - , тогда
всегда применяется стандартное время. Когда количество времени
дано только сумма стандартного времени и эта сумма
имеет значение.
ФОРМАТ Формат сокращений часовых поясов. Пара
символов % s используется, чтобы показать, где «переменная часть»
идет аббревиатура часового пояса. В качестве альтернативы формат
может использовать пару символов % z для обозначения UT
смещение в виде ± чч , ± ччмм или ± ччммсс , используя
кратчайшая форма, не теряющая информацию, где хх ,
мм и ss - часы, минуты и секунды на восток (+) или
к западу (-) от UT.Или косая черта (/) разделяет
стандартные и дневные сокращения. Чтобы соответствовать POSIX,
аббревиатура часового пояса должна состоять только из букв и цифр.
Символы ASCII, «+» и «-».
UNTIL Время, в которое смещение UT или правила изменяются для
местоположение. Он принимает форму от одного до четырех полей ГОД
[МЕСЯЦ [ДЕНЬ [ВРЕМЯ]]]. Если это указано, часовой пояс
информация генерируется из заданного смещения UT и правила
изменить до указанного времени, которое интерпретируется
используя правила, действовавшие непосредственно перед переходом.В
месяц, день и время имеют тот же формат, что и
Поля IN, ON и AT правила; конечные поля могут быть
опущено, и по умолчанию используется самое раннее возможное значение для
недостающие поля.
Следующая строка должна быть «продолжением»; это имеет
та же форма, что и линия зоны, за исключением того, что строка «Зона» и
имя опускается, так как строка продолжения будет размещать
информация, начиная с момента, указанного как «до»
информация в предыдущей строке файла, используемого
предыдущая строка.Строки продолжения могут содержать «до».
информации, как и линии зон, указывая на то, что
следующая строка - это дальнейшее продолжение.
Если зона изменяется в тот же момент, что и правило
вступают в силу в более ранней зоне или в строке продолжения, правило
игнорируется. Зона или линия продолжения L с именованным набором правил
по умолчанию начинается стандартное время: то есть любое из L
метки времени, предшествующие самому раннему правилу L , используют действующее правило
после первого перехода L на стандартное время.В единой зоне
это ошибка, если два правила вступают в силу одновременно, или
если изменения двух зон вступают в силу одновременно.
Линия ссылки имеет вид
Ссылка TARGET LINK-NAME
Например:
Связь Европа / Стамбул Азия / Стамбул
Поле TARGET должно отображаться как поле NAME в некоторой зоне.
линия. Поле LINK-NAME используется в качестве альтернативного имени для
эта зона; он имеет тот же синтаксис, что и поле NAME строки зоны.За исключением строк продолжения, строки могут появляться в любом порядке в
вход. Однако поведение не определено, если несколько зон
или строки ссылок определяют одно и то же имя, или если источник одной ссылки
линия является целью другого.
Файл, описывающий дополнительные секунды, может содержать строки прыжка и
линия истечения срока. Високосные линии имеют следующий вид:
Високосный ГОД МЕСЯЦ ДЕНЬ ЧЧ: ММ: СС КОРР R / S
Например:
Високосный 2016 31 декабря 23:59:60 + S
Поля ГОД , МЕСЯЦ , ДЕНЬ и ЧЧ: ММ: СС сообщают, когда скачок
случилось второе.В поле CORR должно быть указано «+», если секунда была
добавлено или «-», если была пропущена секунда. Поле R / S должно быть
(аббревиатура) «Стационарная», если дана дополнительная дополнительная информация
другими полями следует интерпретировать как UTC или (
аббревиатура) «Катящийся», если второй прыжок задан
остальные поля следует интерпретировать как местное (настенные часы) время.
Строка истечения срока, если она есть, имеет вид:
Срок действия: YEAR MONTH DAY HH: MM: SS
Например:
Истекает 2020 Dec 28 00:00:00
Поля ГОД , МЕСЯЦ , ДЕНЬ и ЧЧ: ММ: СС указывают срок действия
отметка времени в формате UTC для таблицы дополнительной секунды; zic выводит это
отметка времени истечения срока действия путем усечения конца выходного файла до
отметка времени.Если нет линии истечения срока, zic также принимает
комментарий «#expires E ...», где E - это отметка времени истечения срока, как
десятичное целое число секунд с начала эпохи, не считая
високосные секунды. Однако комментарий «#expires» устарел.
функция, а файл дополнительной секунды должен использовать строку срока действия
вместо того, чтобы полагаться на комментарий.
РАСШИРЕННЫЙ ПРИМЕР вверху
Вот расширенный пример ввода zic , предназначенный для иллюстрации
многие его особенности.В этом примере правила ЕС предназначены для
Европейский Союз и его предшественник, Европейская
Сообщества.
# ИМЯ правила ОТ ДО ВХОДИТЬ ПРИ СОХРАНИТЬ БУКВУ / S
Правило Швейцарии 1941 1942 - май пн> = 1 1:00 1:00 S
Правило Швейцарии 1941 1942 - окт пн> = 1 2:00 0 -
Правило ЕС 1977 1980 - апр вс> = 1 1: 00u 1:00 S
Только Правило ЕС 1977 г. - сентябрь lastВс. 1: 00u 0 -
Только Правило ЕС 1978 г. - 1 октября 1:00 u 0 -
Правило ЕС 1979 г. 1995 г. - посл.сент.Вс 1:00 до 0 -
Правило ЕС 1981 макс. - март, прошедшее вс, 1: 00, 1:00 ю.
Правило ЕС 1996 макс. - октябрь lastSun 1: 00u 0 -
# ИМЯ зоны ФОРМАТ ПРАВИЛ STDOFF [ДО]
Зона Европа / Цюрих 0:34:08 - LMT 1853 16 июля
0:29:45.50 - BMT 1894 июнь
1:00 Швейцарский CE% sT 1981
1:00 ЕС CE% sT
Ссылка Европа / Цюрих Европа / Вадуц
В этом примере часовой пояс назван Europe / Zurich, но в нем
псевдоним Европа / Вадуц. В этом примере говорится, что Цюриху было 34 года.
минут и 8 секунд к востоку от UT до 16.07.1853 в 00:00, когда
допустимое смещение было изменено на 7 ° 26′22,50 ″, что соответствует
0: 29: 45,50; zic обрабатывает это, округляя до 0:29:46.После
1894-06-01 в 00:00 смещение UT стало на один час и швейцарское.
правила перехода на летнее время (определяются строками, начинающимися с «Правило
Швейцарский »). С 1981 года по настоящее время в ЕС летнее время.
правила были применены, и смещение UTC осталось на один час.
В 1941 и 1942 годах переход на летнее время вводился с первого
С 01:00 понедельника мая до 02:00 первого понедельника октября.
Правила ЕС по переходу на летнее время, действовавшие до 1981 года, здесь не действуют, но
включены для полноты.С 1981 года переход на летнее время
началось в последнее воскресенье марта в 01:00 UTC. До 1995 г.
закончился в последнее воскресенье сентября в 01:00 UTC, но это изменилось
до последнего воскресенья октября, начиная с 1996 года.
Первоначально для отображения использовались «LMT» и «BMT»,
соответственно. Поскольку применялись швейцарские правила, а затем и правила ЕС,
сокращение часового пояса было CET для стандартного времени и
CEST для перехода на летнее время.
ФАЙЛОВ наверху
/ etc / localtime
Файл местного часового пояса по умолчанию. / usr / share / zoneinfo
Каталог информации о часовом поясе по умолчанию.
ПРИМЕЧАНИЯ вверху
Для регионов с более чем двумя типами местного времени вам может потребоваться
использовать местное стандартное время в поле AT самого раннего
правило времени перехода, чтобы гарантировать, что самый ранний переход
время, записанное в скомпилированном файле, является правильным.
Если для определенного часового пояса сдвиг часов, вызванный
начало перехода на летнее время совпадает с часами и совпадает с ними
отступление, вызванное изменением смещения UT, zic производит одиночный
переход на летнее время при новом смещении UT без каких-либо
изменение местного (настенные часы) времени.Чтобы получить отдельные переходы
использовать несколько строк продолжения зоны, определяющих переход
мгновений с использованием всемирного времени.
СМОТРИ ТАКЖЕ top
tzfile (5), zdump (8)
КОЛОФОН верх
Эта страница является частью выпуска 5.
